巴拿马城原是印第安人的一个渔村，现分为古城、旧城和新城三部分，人口83万，是一座历史悠久的著名都市。

公元1513年，航海家巴博亚从大西洋登上美洲中部大陆，当他在一座山上察看地势时，忽然在望眼镜里看见了太平洋，马上意识到这块地方在地理上具有重要意义，便星夜兼程，来到太平洋畔，选择一个渔村作为立足之地，陆续修建了一些房屋，并且沿用当地印第安人的称呼，把这个地方叫做“巴拿马”，意思为“渔村”，这便是巴拿马城的前身。

1519年，西班牙王朝派达维拉来到这里任总督，他到任后，便大兴土木，将渔村扩建成城镇，宫殿、监狱、公园、商店、医院相继出现，巴拿马城从此正式宣告诞生。在随后的一段岁月里，巴拿马城成为西班牙殖民者奴役美洲印第安人的基地和从事宗教活动的中心，也是西班牙殖民者在美洲搜刮财富、贩卖黑奴的集散地，西班牙殖民者将从四面八方掠来的大量金银珠宝集中在城里，然后转运到西班牙本土。巴拿马城的大量财富，也自然引起了海盗的垂涎。

1671年，英国海盗摩尔根用武力攻入巴拿马城，在洗劫一空后，纵火将整个城市烧为废墟。

1673年，在古城废址以西约8公里处重建巴拿马城。

1903年被定为巴拿马共和国的首都。今天，巴拿马城的面积已扩展到100多平方公里，是巴拿马全国政治、经济和文化中心。