殖民者给利马起名为Ciudad de los Reyes，意即王者之城，因该城奠基日在1月6日（主显节期间）。不过，利马（Lima）这个当地名字留传下来，其来源成谜，有指它来自艾马拉语的lima–limaq（意指黄花），也有指它来自盖丘亚语的rimaq（说话），古读音为IPA：['li-ma:]。现存最古老的西班牙文秘鲁地图，该城被同时标示为Ciudad de los Reyes。

利马是1535年1月18日，西班牙殖民者，法兰西斯克·皮泽洛所建的，是秘鲁西班牙文化的重地，著名的天主教建筑包括了16世纪的大教堂，和圣・马可仕全国大学。在1500年代和1600年代，是南美洲仅次于波哥大和墨西哥的经济、文化重心。

1746年，利马遭遇大地震，有相当多建筑毁坏。 利马这座不雨城又是一座历史名城，它记载了秘鲁乃至南美辛酸悲壮的历史。自1535年建城到1821年圣马丁将军（1778—1850）解放该城，它一直是西班牙在南美洲的总督驻地，成为殖民地的行政、宗教和文化中心。在著名的阿马斯广场的大教堂里，还停放着第一个踏上秘鲁土地的西班牙殖民者皮萨罗的干尸。在这个虚伪、贪婪、残忍的殖民者身上，记载着秘鲁的一段悲壮的史实：

皮萨罗原是西班牙的一个流氓，一字不识，但他贪婪成性，富有冒险精神，1532年，他率军侵入秘鲁，遭到当地的印第安人——印加人的顽强抵抗。狡猾的皮萨罗看到光用武力一时不能取胜，于是采用欺骗手段，以会晤为名，把没有武装、毫无警惕的印加王阿塔瓦尔帕及其部下诱人一个重兵包围的广场，企图迫使印加王投降并效忠于西班牙，阿塔瓦尔帕大义凛然，义正词严地拒绝了侵略者的无理要求，这时，伏兵四起，全副武装的西班牙殖民军气势汹汹地冲杀向毫无准备的印加人。印加人拼死抵抗，奋勇向前，最后上万名印加战士惨遭屠杀， 印加王也被逮捕。皮萨罗把他关进牢房，向印加人勒索巨额赎金，提出只要印加人用金子填满一间长22英尺、宽17英尺、一人多高的房间，用银子填满另外两间较小的房子，印加王就可重获自由。当印加人以空前巨大的数目——金子13265镑，银子26000镑满足了他的条件后，金银到手的皮萨罗却背信弃义，以莫须有的罪名，绞死了阿塔瓦尔帕。1535年，几乎征服了秘鲁全境的皮萨罗，在利马河畔的一个绿洲建立了一座新的城市，一切按西班牙的传统形式建筑，结构雍容恢宏，造型精雕细刻，街道据说以“金银铺砌”，取名利马，称为“诸王之城”。