民主党候选人在选举中屡屡获胜，纽约与美国南方也产生了紧密的联系。1861年市长费尔南多·伍德号召纽约跟随南方退出联邦，但他的这一号召最终没有成行。在南北战争期间，对于征兵法律的不满导致了1863年由爱尔兰裔工人阶级领导的纽约征兵暴动。

1898年，布鲁克林（当时为一个独立城市）、纽约县（包括布朗克斯的一部分）、里士满县和皇后县的西部合并，正式成为了现代的纽约市。

由于未受到战争直接影响，美国在第一次世界大战之后，综合国力有所增强，也带动美国经济的繁荣，全国沉醉在一片欣欣向荣的景气之中。但在1929年10月24日这一天，华尔街的股市暴跌，三天之内损失了100亿美元，远远超过流通在市场上的通货，造成经济大恐慌，美国股市崩盘的连锁效应影响全世界，全球经济陷入一片愁云惨雾之中。

1933年罗斯福总统就任。1939年的欧洲战争让美国从恐慌中重新站起来，罗斯福总统的武器援助一案，随后1941年日本偷袭珍珠港，美国向日本及德意等轴心国宣战，全面参与第二次世界大战。战争机器的全面启动，使纽约人民就业状况极大改善，年轻力壮的男人去前线打仗，剩余的男人和广大妇女进入工厂生产武器弹药及各种军需品，有力地促进了美国经济的发展。美国也在第二次世界大战之后，成为世界上最强的国家，纽约也成为了世界最富有的城市之一。

1904年，纽约的地铁系统开始合并运作，帮助巩固了这座全新的城市。20世纪上半叶，纽约成为了世界工业、商业和通讯业的中心。

1890年，纽约的非白人人口为36620人。20世纪20年代，纽约成为了非裔美国人从南部移民的重要目的地，到1916年，纽约已成为北美最大的非裔城市聚居地。在禁酒时期，哈莱姆文艺复兴运动展开，黑人文学和文化生活得到兴旺。经济的繁荣推动了大量摩天大楼的建设，塑造了纽约的20世纪天际线。

20年代初，纽约超越伦敦，成为世界上人口最多的城市区。纽约城市圈的人口在30年代超过1000万，成为世界上第一座特大城市。大萧条时期，改革家菲奥雷洛·拉瓜迪亚当选市长，带领纽约复苏，同时坦慕尼协会垮台，结束了其八十年的政治霸权。

第二次世界大战后，纽约经济再次繁荣。在战时该城毫发未伤，由此也成为了世界的领头城市，华尔街也成为了美国经济霸权的龙头。联合国总部（1950年）的建设奠定了纽约的政治影响，抽象表现主义艺术的崛起使纽约超越巴黎成为世界艺术的中心。