在上个千年之初，一些冒险者乘着由挖空的原木做成的船从阿姆斯特尔河顺流而下，并在河周围的沼泽湿地之外修建了堤坝。“阿姆斯特丹”这个词最早于1275年10月27日被记录在册。当年，荷兰伯爵弗洛瑞斯五世免除了通过这座大坝的费用。史料将最早居住在大坝周边的居民叫做“homines manentes apud Amestelledamme”。到了1327年，这个名称演化为“Aemsterdam”。与奈梅亨、鹿特丹与乌特勒支等更古老的荷兰城市相比，阿姆斯特丹的历史相对比较短暂。2008年10月，历史地理学家克里斯·德·邦特（Chris de Bont）声称，早在10世纪，阿姆斯特丹周边的土地就已经存在开垦的痕迹。当然，这并不意味着当时该地区已经被开垦。肥沃的土地可能尚未有人耕种，这可能是生产泥炭所留下的痕迹。

阿姆斯特丹于1300年（一说1306年）被正式授予城市资格。从14世纪起，阿姆斯特丹开始蓬勃发展，这主要归功于与汉萨同盟的贸易。1345年，卡尔弗街成了市民朝圣的地方，直到新教成为了荷兰的国教。这些朝圣礼仪现今已经不存在，只剩下当时那些华贵的服装供后人瞻仰。

16世纪，由于当时统治荷兰的西班牙王室开始推行新的税收政策，以及建立迫害新教徒的西班牙宗教裁判所，荷兰人开始反抗西班牙国王腓力二世和他的继任者。新兴资本孕育出了一大批新教徒，再加上加尔文教徒们开始反抗，这场起义不久升级为“80年战争”，并最终促成了荷兰的独立。起义的领袖，“值得赞美的奥兰治拿骚的威廉”宣布荷兰北方8个省（包括阿姆斯特丹）独立为荷兰共和国，他也成为了第一位荷兰皇室成员。他推行了一系列较为宽松的宗教政策，使得伊比利亚半岛的犹太人、法国的胡格诺派、佛兰德斯的富商和印刷工，以及来自西班牙控制的低地国家的经济与宗教难民在阿姆斯特丹找到了安全的栖身之所。佛兰德印刷工的涌入以及对各种思想的包容使得阿姆斯特丹成为了欧洲的自由出版中心。