1785年，邦联会议将纽约定为美国首都。纽约是《邦联条例》下的最后一个美国首都，也是美国宪法下的第一个美国首都。1789年，美国第一任总统乔治·华盛顿在华尔街联邦厅宣誓就职。在同一地点还召集了美国第一届国会和最高法院，起草了《美国权利法案》。1790年，纽约超越费城成为美国第一大城市。

在纽约州1799年颁布的《渐进废奴法案》之下，奴隶母亲的孩子生来将为契约劳工，直至二十五岁之后方可获得自由。在独立战争之后获得解放的和脱逃的奴隶共同组成了曼哈顿为数众多的自由黑人人口。在几位开国元勋如亚历山大·汉密尔顿和约翰·杰伊的支持之下，纽约奴隶解放会致力于推动奴隶制的彻底废除，并建立非裔人自由学校以教育黑人儿童。直至1827年，奴隶制才在纽约州彻底被废除，而此后黑人也仍然面临着歧视的问题。纽约的废奴运动持续了下去，其中许多运动领袖都是自由学校的毕业生。1840年，纽约市的黑人人口超过16000。

19世纪，在贸易的持续发展和欧洲移民的推动下，纽约发生了巨大的变化。在《1811年委员会计划》下，城市的街道覆盖至整个曼哈顿。1819年伊利运河开通，将纽约港与北美内陆市场（农作物及其他商品）通过哈德逊河和五大湖连接起来。同时，纽约的政治也开始受到坦慕尼协会（爱尔兰和德国移民支持的政治机构）的导。在19世纪30年代和40年代有许多知名的美国文坛人物居住在纽约，其中包括威廉·卡伦·布莱恩特、华盛顿·欧文、赫尔曼·梅尔维尔、鲁弗斯·维尔莫特·格里斯沃尔德、约翰·基斯、纳撒尼尔·帕克·威利斯以及埃德加·爱伦·坡。在旧商界精英的游说推动下，1857年中央公园建立起来，成为全美国第一个景观公园。

爱尔兰大饥荒使大批爱尔兰移民涌入纽约，到1860年，四个纽约人中就有一个出生于爱尔兰（总共超过20万人）。同时，德意志革命也使德国移民大量迁入，1860年，有四分之一的城市人口来自德国。