雅加达历史悠久，早在14世纪就已成为初具规模的港口城市，当时叫巽他加拉巴，意思是“椰子”，华侨称其为“椰城”。

该港埠于14世纪归属巴查查拉王朝。

1522年，万丹王国征服该地并建城。

1527年6月22日，改名为查雅加尔达，意为“凯旋城”，简称为雅加达。

1596年，荷兰侵占了印度尼西亚，1621年把雅加达改为荷兰名字“巴达维亚”。

1942年8月8日，日军侵占印尼后恢复了雅加达的名称。

1945年8月17日，印度尼西亚共和国正式成立，定首都为雅加达。

1950年1月20日，印尼成立联邦政府后，把雅加达改为巴达维亚，1950年3月31日改名为大雅加达市，1961年改为大雅加达特区至今。

雅加达建城日为6月22日，每年这一天都要举行大型纪念活动。