1592年后，釜山被日本人侵入并沦为日本殖民地，1607年战争以后恢复了外交关系，釜山并得以重建。

18世纪后叶，日本的势力大肆膨胀，吞并韩半岛及大陆，朝鲜予以顽强的抵抗。

1876年，釜山成为朝鲜第一个港口，以后与日本重新定位了睦邻友好关系和建立了外交关系，并从1883年开始恢复了与日本的一般商贸往来。

1898年甲午战争战败，日本吞并朝鲜。

1910以后，朝鲜被日本吞并，釜山成为日本殖民地城市，城市中心成为商阜。在日本统治时期（1910-1945）也发展成现代化的港口城市，轮船可从釜山码头开往日本的下关。

1950年至1953年，朝鲜战争时期，釜山是联合国运送装备和供给到朝鲜的唯一港口。城市周围还保留着很多当年联合国军队建造的防御工事和设施。在当时釜山也是接受从海外返回的难民最多的城市。

从1978开始，釜山开放了三个集装箱港口码头，2013年釜山港口的设施和吞吐能力使其成为世界第三大港口。