巴马科的历史由来其说不一。有一种说法是：在科特迪瓦东北部有个叫做“空”的地方，有一个猎人巴马科叫邦巴.萨诺戈，他在猎获一头大象的地方建了一座城池，用他的姓和故乡的地名取名叫做“邦巴.空”，后来就慢慢变成了巴马科。

另一种说法是，巴马科是尼亚雷人建立的，当时是一片鳄鱼聚集的沼泽地，因此鳄鱼后来成了巴马科市的象征。

相传500多年前，巴马科一带森林密布，狮狼建筑出没，人烟稀少。居住在马里西部临近毛里塔尼亚边境的尼奥诺城的一个青年猎手，因与兄弟不和，一气之下，离家出走，来到今天巴马科这个地方，觉得是一块渔耕狩猎的好地方，便定居下来。这位青年猎手待人热情，慷慨大方，经常接济贫困之人，于是很多人慕名迁来，同他为邻居住在一起，形成村镇，成为巴马科第一代居民。

巴马科是一座历史悠久的古城，这里曾经是非洲历史上第一个统一的黑人王国——马里帝国（公元13世纪至15世纪）的中心，在法国殖民主义者侵占之前，是当时横贯撒哈拉沙漠贸易的货物集散地之一。巴马科的殖民史应追溯到1883年的2月1日。当时有一支法国军队，在波格尼斯的带领下进入了叫巴马科的村子，那时的巴马科才600个村民。

被法国殖民主义者占领后，巴马科便由一个商镇逐渐成为法国殖民统治中心的所谓法属苏丹的首府，也是法国殖民者在非洲的一个立足点。1904年，从巴马科到卡伊的铁路与前往达喀尔（Dakar）的铁路修通后，巴马科的城市建设获得了迅速发展。1920年巴马科成为法属苏丹的首府，1960年马里独立后成为马里的首都。马里独立后的首任总统莫迪博.凯塔，1955年时曾任巴马科第一任市长。